Combines extended pedigree (obtained by org_fams() function)
and sample metadata data for visual (ped_satplot()) and spatial
(ped_spatial()) representation of the pedigree.
Arguments
- plot_fams
Character string or numeric vector. FamID numbers from
famsdata generated byorg_fams()function. If all families want to be plotted it is defined as character string "all". For a subset of families a numeric vector of FamIDs has to be specified. Defaults to "all".- all_fams
Data frame. Family (
fams) data generated byorg_fams()function.- ped
Data frame. Organized pedigree (
ped) generated byorg_fams()function.- sampledata
Data frame. Metadata for all genetic samples that belong to the individuals included in pedigree reconstruction analysis. For description of
sampledatastructure and sample information needed forplot_table()see Details.- datacolumns
Vector of column names included
sampledatathat are needed to produce this functions output (see Details).- deadSample
Single value or vector of different lethal sample types. Defaults to c("Tissue").
Value
Extended sampledata data frame that includes all columns defined in datacolumns
parameter and adds information needed for visual and spatial representation of
pedigree:
plottingID: Numeric. Identifier number for temporal pedigree plotped_satplot(). In case of polygamous animals same individual can be included in more than one family.FamID: Numeric. Identifier number of family that individual belongs to.hsGroup: Numeric. Identifier number for the half-sib group of individual.rep: Logical. Is individual reproductive in current family, (current family defined withFamIDfor a particular entry).later_rep: Logical. Is individual reproductive in any other (later) families.isPolygamous: Logical. Does the individual have more than one mate.dead: Logical. Is individual dead.first_sample: Logical. Is this particular sample the first sample of the individual.last_sample: Logical. Is this particular sample the last sample of the individual.isReference: Logical. Is this particular sample reference sample of individual.
Details
sampledatahas to include columns that contain information on:unique identifier of each sample; character or numeric (default column name =
Sample, seecheck_sampledata()function),date of sample collection in
Dateformat (default =Date),assignment of sample to particular individual; character or numeric (default =
AnimalRef, seecheck_sampledata()function),sex of the animal coded as
F,MorNA; character (default =GeneticSex, seecheck_sampledata()function),longitude and latitude coordinates of sample collection location; numeric (default =
lngandlat, seecheck_sampledata()function),type of particular sample eg. scat, tissue, saliva; character (default =
SType, seecheck_sampledata()function),date of first and last sample of individual in
Dateformat (default =FirstSeenandLastSeen, seeanim_timespan()function),value identifying if if the individual is dead; logical (default =
IsDead, seeanim_timespan()function).
Examples
# Prepare the data for usage with plot_table() function.
# Get animal timespan data using the anim_timespan() function.
animal_ts <- anim_timespan(wolf_samples$AnimalRef,
wolf_samples$Date,
wolf_samples$SType,
dead = c("Tissue")
)
# Add animal timespan to the sampledata
sampledata <- merge(wolf_samples, animal_ts, by.x = "AnimalRef", by.y = "ID", all.x = TRUE)
# Define the path to the pedigree data file.
path <- paste0(system.file("extdata", package = "wpeR"), "/wpeR_samplePed")
# Retrieve the pedigree data from the get_colony function.
ped_colony <- get_colony(path, sampledata, rm_obsolete_parents = TRUE, out = "FamAgg")
# Organize families and expand pedigree data using the org_fams function.
org_tables <- org_fams(ped_colony, sampledata, output = "both")
# Run the function
# Prepare data for plotting.
plot_table(plot_fams = "all",
org_tables$fams,
org_tables$ped,
sampledata,
deadSample = c("Tissue")
)
#> Sample AnimalRef GeneticSex Date SType lat lng
#> 54 M20AP M228J M 2016-09-30 Saliva 45.71140 14.01201
#> 55 M228J M228J M 2017-01-26 Scat 45.70406 14.12798
#> 56 M28ML M228J M 2017-08-18 Saliva 45.67397 14.11150
#> 57 M28MM M228J M 2017-08-18 Saliva 45.67397 14.11150
#> 58 M2C36 M228J M 2018-02-09 Tissue 45.67033 14.15404
#> 10 EX.1JH0 M200F F 2015-07-27 Saliva 45.75250 14.14653
#> 11 EX.1JJ5 M200F F 2015-08-14 Saliva 45.69501 14.03169
#> 12 M20A4 M200F F 2016-10-11 Saliva 45.71347 14.04434
#> 13 M200F M200F F 2017-01-11 Scat 45.71602 14.08802
#> 14 M1TU6 M200F F 2017-01-25 Scat 45.69746 14.12843
#> 15 M1XPY M200F F 2017-01-25 Scat 45.71062 14.08937
#> 16 M1YH8 M200F F 2017-03-20 Scat 45.70856 14.07037
#> 17 M1T7L M200F F 2017-04-21 Scat 45.68138 14.11843
#> 18 M2ATF M200F F 2018-07-04 Scat 45.70502 14.07282
#> 19 M2ATC M200F F 2018-07-19 Scat 45.70253 14.09111
#> 20 M2AMA M200F F 2018-08-22 Scat 45.71833 14.14495
#> 1 M10XC M10XC M 2017-11-16 Scat 45.70766 14.12922
#> 2 M0PXH M10XC M 2017-11-22 Scat 45.71356 14.10497
#> 3 M0PFL M10XC M 2017-12-22 Scat 45.69898 14.07907
#> 8 M1XA7 M1YP0 F 2017-01-25 Scat 45.71845 14.12954
#> 9 M1YP0 M1YP0 F 2017-01-25 Tissue 45.71246 14.11387
#> 43 M2C2F M220J M 2017-11-10 Saliva 45.71310 14.04242
#> 44 M220J M220J M 2018-02-17 Scat 45.71823 14.15949
#> 59 M22AM M22AM M 2017-01-26 Scat 45.70004 14.12501
#> 60 M28MF M22AM M 2017-08-07 Saliva 45.80810 13.80997
#> 71 M2772 M2772 M 2017-11-12 Scat 45.69639 14.15630
#> 72 M2C71 M2772 M 2018-07-26 Saliva 46.24440 14.10130
#> 73 DAM00A M2772 M 2019-05-17 Saliva 46.23509 14.05290
#> 74 DAM007 M2772 M 2019-05-31 Saliva 46.23282 14.05195
#> 75 MSV037 M2772 M 2019-10-18 Saliva 46.24017 13.97469
#> 76 MSV184 M2772 M 2020-09-29 Scat 46.28649 14.05114
#> 77 M28LU M28LU F 2017-09-18 Saliva 45.67397 14.11112
#> 78 M2C16 M28LU F 2017-12-21 Saliva 45.73484 14.07135
#> 79 M2AL6 M28LU F 2019-01-14 Scat 45.66065 14.39713
#> 80 M2CUT M28LU F 2019-01-20 Urine 45.59855 14.27129
#> 81 M2AH7 M28LU F 2019-02-12 Urine 45.76028 14.31428
#> 82 M2AHA M28LU F 2019-02-17 Scat 45.69996 14.33099
#> 83 MSV134 M28LU F 2020-12-04 Scat 45.73360 14.28250
#> 84 MSV1K5 M28LU F 2021-01-12 Urine 45.66886 14.34709
#> 85 MSV1F2 M28LU F 2021-01-19 Scat 45.70506 14.38520
#> 125 M275E M2AXE F 2017-12-16 Scat 45.71293 14.14771
#> 126 M2AXE M2AXE F 2018-03-23 Scat 45.71830 14.07355
#> 127 M2AXC M2AXE F 2018-03-26 Scat 45.70965 14.06085
#> 128 M2ATM M2AXE F 2018-08-20 Scat 45.70319 14.11762
#> 129 M1U0E M2AXE F 2018-11-04 Scat 45.71325 14.12380
#> 130 MSV078 M2AXE F 2019-11-06 Scat 45.52787 14.02367
#> 131 M277F M2C1T F 2017-10-31 Scat 45.71323 14.13570
#> 132 M2C1T M2C1T F 2018-01-26 Saliva 45.57041 14.22777
#> 133 M2C1X M2C1T F 2018-01-26 Saliva 45.57041 14.22777
#> 134 M2C1U M2C1T F 2018-01-26 Saliva 45.57041 14.22777
#> 135 M2C1Y M2C1T F 2018-01-26 Saliva 45.57041 14.22777
#> 152 MSV00E MSV00E M 2019-08-12 Scat 45.62231 14.46746
#> 153 MSV13C MSV00E M 2020-12-04 Urine 45.73250 14.28590
#> 154 MSV136 MSV00E M 2020-12-04 Scat 45.73470 14.28190
#> 155 MSV1K4 MSV00E M 2021-01-12 Urine 45.66886 14.34709
#> 156 MSV1J2 MSV00E M 2021-01-18 Urine 45.61193 14.34191
#> 157 MSV1HX MSV00E M 2021-01-18 Urine 45.60900 14.35484
#> 158 MSV1K1 MSV00E M 2021-01-19 Urine 45.69613 14.39814
#> 159 MSV1J8 MSV00E M 2021-01-31 Urine 45.70239 14.38266
#> 160 MSV1J7 MSV00E M 2021-01-31 Urine 45.70327 14.37919
#> 161 MSV1F6 MSV00E M 2021-01-31 Scat 45.69756 14.39805
#> 162 MSV1JC MSV00E M 2021-02-01 Urine 45.68693 14.35972
#> 163 MSV1JA MSV00E M 2021-02-01 Urine 45.69578 14.33394
#> 164 MSV1F7 MSV00E M 2021-02-01 Scat 45.68693 14.35972
#> 165 MSV1AC MSV00E M 2021-03-05 Scat 45.63301 14.37316
#> 771 M28LU M28LU F 2017-09-18 Saliva 45.67397 14.11112
#> 781 M2C16 M28LU F 2017-12-21 Saliva 45.73484 14.07135
#> 791 M2AL6 M28LU F 2019-01-14 Scat 45.66065 14.39713
#> 801 M2CUT M28LU F 2019-01-20 Urine 45.59855 14.27129
#> 811 M2AH7 M28LU F 2019-02-12 Urine 45.76028 14.31428
#> 821 M2AHA M28LU F 2019-02-17 Scat 45.69996 14.33099
#> 831 MSV134 M28LU F 2020-12-04 Scat 45.73360 14.28250
#> 841 MSV1K5 M28LU F 2021-01-12 Urine 45.66886 14.34709
#> 851 MSV1F2 M28LU F 2021-01-19 Scat 45.70506 14.38520
#> 239 MSV10U MSV10T F 2020-08-16 Hair 45.65128 14.42428
#> 240 MSV10T MSV10T F 2020-08-16 Hair 45.65128 14.42428
#> 257 MSV1FF MSV1C0 M 2021-02-16 Scat 45.63301 14.37316
#> 258 MSV1FK MSV1C0 M 2021-02-17 Scat 45.65986 14.34720
#> 259 MSV1FU MSV1C0 M 2021-02-26 Scat 45.65079 14.33447
#> 260 MSV1C0 MSV1C0 M 2021-03-07 Scat 45.68733 14.43675
#> 261 MSV1AP MSV1C0 M 2021-03-30 Scat 45.62905 14.39491
#> 262 MSV1EX MSV1EX M 2021-01-18 Scat 45.65105 14.28651
#> 263 MSV1F5 MSV1F5 M 2021-01-23 Scat 45.65056 14.29599
#> 264 MSV1F8 MSV1F8 F 2021-02-04 Scat 45.66893 14.35993
#> 266 MSV1FJ MSV1FJ M 2021-02-16 Scat 45.65986 14.34720
#> 267 MSV1FH MSV1FJ M 2021-02-16 Scat 45.64201 14.37306
#> 268 MSV1AU MSV1FJ M 2021-03-07 Scat 45.70506 14.38520
#> 269 MSV1FL MSV1FL M 2021-02-17 Scat 45.65986 14.34720
#> 270 MSV1H3 MSV1FT M 2021-01-18 Scat 45.64179 14.33458
#> 271 MSV1FT MSV1FT M 2021-02-26 Scat 45.65079 14.33447
#> 278 MSV1TM MSV1TM F 2020-11-15 Tissue 45.67862 14.24350
#> 711 M2772 M2772 M 2017-11-12 Scat 45.69639 14.15630
#> 721 M2C71 M2772 M 2018-07-26 Saliva 46.24440 14.10130
#> 731 DAM00A M2772 M 2019-05-17 Saliva 46.23509 14.05290
#> 741 DAM007 M2772 M 2019-05-31 Saliva 46.23282 14.05195
#> 751 MSV037 M2772 M 2019-10-18 Saliva 46.24017 13.97469
#> 761 MSV184 M2772 M 2020-09-29 Scat 46.28649 14.05114
#> 86 M28TU M28TU F 2017-12-18 Hair 45.97594 13.81928
#> 87 M28TK M28TU F 2017-12-18 Hair 45.97594 13.81928
#> 88 M2ETC M28TU F 2019-04-30 Scat 46.29499 14.12504
#> 89 M2E30 M28TU F 2019-10-18 Scat 46.24017 13.97469
#> 90 MSV183 M28TU F 2020-09-29 Scat 46.27238 14.08331
#> 91 MSV17X M28TU F 2020-09-29 Scat 46.28649 14.05114
#> 92 MSV1L7 M28TU F 2021-03-24 Scat 46.28086 14.10959
#> 93 MSV18L M28TU F 2021-03-25 Scat 46.27410 14.02601
#> 94 MSV1LT M28TU F 2021-04-23 Scat 46.26911 14.01011
#> 167 MSV013 MSV01X M 2019-08-28 Scat 46.27046 14.17550
#> 168 MSV01X MSV01X M 2019-08-29 Scat 46.27046 14.17550
#> 173 MSV055 MSV055 F 2019-12-11 Scat 46.28286 14.16966
#> 174 MSV04C MSV055 F 2020-01-10 Scat 46.27942 14.17742
#> 175 MSV0M2 MSV055 F 2020-03-24 Scat 46.29224 14.05496
#> 178 MSV0AL MSV0AL M 2019-12-11 Scat 46.28017 14.17802
#> 179 MSV0M4 MSV0AL M 2020-03-11 Scat 46.26300 14.05469
#> 180 MSV17L MSV0AL M 2020-08-21 Scat 46.25680 14.05140
#> 181 MSV165 MSV0AL M 2020-10-30 Scat 46.27054 14.06499
#> 182 MSV1L8 MSV0AL M 2021-03-24 Scat 46.28086 14.10959
#> 183 MSV1LU MSV0AL M 2021-04-23 Scat 46.27641 14.07662
#> 184 MSV1M1 MSV0AL M 2021-04-29 Scat 46.28024 14.08025
#> 222 MSV0TA MSV0TA M 2020-01-12 Tissue 46.27640 14.15241
#> 236 MSV16H MSV0XT M 2020-10-08 Scat 46.28700 14.05505
#> 237 MSV0XT MSV0XT M 2020-11-16 Blood 46.28701 14.05501
#> 238 MSV1M2 MSV0XT M 2021-04-29 Scat 46.28318 14.04873
#> 252 MSV17U MSV17U M 2020-09-29 Scat 46.28701 14.05499
#> 253 MSV16K MSV17U M 2020-11-06 Scat 46.28639 14.05741
#> 254 MSV1M0 MSV17U M 2021-04-29 Scat 46.27558 14.08261
#> 255 MSV180 MSV180 F 2020-09-29 Scat 46.28697 14.05487
#> 256 MSV18C MSV18C F 2020-11-06 Scat 46.28712 14.06162
#> 272 MSV167 MSV1KT F 2020-10-06 Scat 46.26831 14.06872
#> 273 MSV1KT MSV1KT F 2021-02-16 Scat 46.25668 14.03503
#> 114 M1YFM M2AM8 M 2017-04-07 Saliva 45.55265 14.18041
#> 115 M2AM8 M2AM8 M 2018-08-06 Scat 45.69745 14.15374
#> 116 M221T M2AM8 M 2018-11-24 Scat 45.72506 14.16939
#> 117 M1J3K M2AM8 M 2019-09-10 Scat 45.72102 14.05899
#> 118 MSV0C6 M2AM8 M 2019-12-09 Scat 45.70086 14.15954
#> 119 M1HC1 M2AM8 M 2020-06-27 Scat 45.74115 14.07214
#> 120 M1H2J M2AM8 M 2020-07-15 Scat 45.70895 14.08488
#> 121 M220X M2AM8 M 2020-11-08 Scat 45.71909 14.11472
#> 122 MSV1EU M2AM8 M 2021-01-16 Scat 45.71237 14.13236
#> 123 MSV1FC M2AM8 M 2021-02-10 Scat 45.70260 14.14820
#> 124 MSV1PT M2AM8 M 2021-03-23 Scat 45.59378 14.19659
#> 101 EX.1JH0 M200F F 2015-07-27 Saliva 45.75250 14.14653
#> 111 EX.1JJ5 M200F F 2015-08-14 Saliva 45.69501 14.03169
#> 1210 M20A4 M200F F 2016-10-11 Saliva 45.71347 14.04434
#> 136 M200F M200F F 2017-01-11 Scat 45.71602 14.08802
#> 141 M1TU6 M200F F 2017-01-25 Scat 45.69746 14.12843
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#> 166 M1YH8 M200F F 2017-03-20 Scat 45.70856 14.07037
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